Batista dilahirkan di Banes, Cuba pada tahun 1901 dan merupakan anak kepada Belisario Batista Palermo[4] dan Carmela Zaldívar González, yang telah berjuang dalam Perang Kemerdekaan Cuba. Ibubapa beliau adalah dari campuran Sepanyol, Afrika, Indian dan campuran Cina dari sebelah bapa beliau.[5][6] Ibunya menamakan dia Rubén dan memberinya nama terakhir, Zaldívar. Bapanya tidak mahu mendaftarkannya sebagai Batista. Dalam rekod pendaftaran mahkamah Banes di sisi undang-undang Rubén Zaldívar sehingga tahun 1939, apabila nama beliau menjadi Fulgencio Batista, beliau menjadi seorang calon presiden dan ia telah mendapati bahawa nama ini tidak wujud. Ada yang mendakwa bahawa hakim telah disogok 15,000 peso Cuba (kira-kira jumlah yang sama dalam dolar AS pada masa itu) untuk menetapkan percanggahan.[7]

Kedua-dua ibu bapa Batista dipercayai telah menjadi bangsa campuran dan salah satu mungkin mempunyai darah Indian.[8] Batista pada mulanya mendapat pendidikan di sebuah sekolah awam di Banes, kemudian menghadiri kelas malam di Amerika.[9] Dia meninggalkan rumahnya pada usianya empat belas tahun berikutan kematian ibunya. Datang dari keluarga yang sederhana, beliau memperoleh hidup sebagai buruh dalam bidang rotan, dan landasan kereta api.[10] Beliau juga adalah seorang tukang jahit, mekanik, penjual arang dan pedagang buah-buahan pada ketika itu.[11] Pada tahun 1921, beliau mengembara ke Havana dan menyertai tentera sebagai swasta pada bulan April tahun itu.[12] Selepas belajar trengkas dan menaip, Batista meninggalkan tentera pada tahun 1923, bekerja secara ringkas sebagai seorang guru stenografi sebelum mendaftar dalam Guardia iaitu dalam bahasa Sepanyol yang bermaksud polis luar bandar. Beliau dipindahkan semula kepada tentera sebagai setiausaha kepada seorang kolonel regimen.[13] Pada September 1933, beliau memegang pangkat sarjan jurutrengkas dan bertindak sebagai setiausaha pegawai.[14]